Formation : Introduction à la phylogénétique et la génomique avec R


Formation du labex CeMEB, organisée par la plateforme MBB.



Durée/Date : 3 jours du 26 au 28 mars, clôture des inscriptions le 17 mars

Lieu : Université de Montpellier 2, bât 10, salle Ocean

Nombre de participants : 20

Public concerné : tout personnel des UMR du labex

Connaissances requises : notions de base sur R, la phylogénétique et la génomique

Intervenants : Emmanuel Paradis (IRD, Montpellier), Thibaut Jombart (Imperial College, Londres)

Objectifs :
  • donner les éléments pour manipuler les données phylogénétiques sous diverses formes (arbres, séquences, données alléliques, variables diverses, etc.) ;
  • arriver à écrire des programmes courts (scripts) en R pour conduire des analyses phylogénétiques ;
  • acquérir les notions de base sur quelques packages (ape, phangorn, adegenet) ;
  • acquérir quelques notions sur Bioconductor (www.bioconductor.org).

Programme :

Jour 1 :
  • Matin : introduction sur R, les données phylogénétiques sous R, lecture/écriture d'arbres et de séquences moléculaires, graphes phylogénétiques
  • Après-midi : lecture et gestion des données de marqueurs moléculaires, analyse multivariée basique
Jour 2 :
  • Matin : alignement classique de séquences, calcul de distances évolutives, inférence d'arbre avec ape et phangorn
  • Après-midi : étude de la variabilité inter-groupe (clustering et DAPC)
Jour 3 :
  • Matin : comparaison d'arbres, interface avec d'autres logiciels (phyloch, ...), Bioconductor
  • Après-midi : analyse spatiale de la variabilité génétique


En savoir plus : ape-package.ird.fr, adegenet.r-forge.r-project.org